Отделение №1 "Математические методы исследования макросистем"

Руководитель отделения - Попков Юрий Соломонович, академик РАН

• Лаборатория 2-1 "Математические методы анализа и синтеза сложных систем"
• Лаборатория 2-2 "Методы исследования компьютерно-интегрированных систем"
• Лаборатория 11-1 "Динамика макросистем"
• Лаборатория 11-2 "Математическое моделирование транспортных потоков"
• Лаборатория 11-3 "Хаотические динамические системы"

Отделение №2 "Математическое обеспечение вычислительной техники"

Руководитель отделения - Арлазаров Владимир Львович, чл.-корр.РАН  

• Лаборатория 9-1 "Системное программирование"
• Лаборатория 9-2 "Анализ изображений"
• Лаборатория 9-3 "Методы искусственного интеллекта"
• Лаборатория 9-4 "Дискретные методы в управлении"
• Лаборатория 9-5 "Взаимодействие человека и компьютера"
• Лаборатория 9-6 "Анализ и проектирование информационных систем"
• Лаборатория 9-7 "Системные исследования когнитивных процессов обучения"
• Лаборатория 9-8 "Организация банков данных"

Отделение №3 "Системное моделирование"

Руководитель отделения - Геловани Виктор Арчилович, академик РАН  

• Лаборатория 4-1 "Математические методы системного моделирования"
• Лаборатория 4-2 "Моделирование развивающихся систем"
• Лаборатория 4-3 "Информационное моделирование"
• Лаборатория 0-1 "Информатизация и информационная безопасность"

Отделение №4 "Искусственный интеллект и принятие решений"

Руководитель отделения - Осипов Геннадий Семенович, д.ф.-м.н.

• Лаборатория 0-2 "Динамические интеллектуальные системы"
• Лаборатория 0-3 "Когнитивные исследования"
• Лаборатория 0-4 "Методы интеллектуального управления"
• Лаборатория 0-5 "Информационные технологии в клинической медицине" 
• Лаборатория 0-6 "Компьютерная лингвистика и интеллектуальный анализ информации"
• Лаборатория 0-7 "Интеллектуальные технологии и системы"
• Лаборатория 3-1 "Методы и системы поддержки принятия решений"
• Лаборатория 3-2 "Компьютерные системы, основанные на знаниях"
• Научно-образовательный центр «Системный анализ и информационные технологии»

Отделение №5 "Информатика и управление в социально-экономических системах"

Руководитель отделения - Швецов Александр Николаевич, д.э.н. 

• Лаборатория 1-4 "Информатика сообществ"
• Лаборатория 6-2 "Информатика и диагностика в управлении социальными и экономическими системами"
• Лаборатория 7-1 "Системный анализ эффективности естественных монополий "
• Лаборатория 7-3 "Системный анализ и моделирование экономической политики"
• Лаборатория 7-4 "Информационные технологии оценки эффективности инвестиций"
• Лаборатория 10-2 "Системный анализ и информационные технологии в медицине и экологии"