В настоящее время научные сотрудники Института выполняют фундаментальные исследования в  области системного анализа и информационных технологий, автоматизации и управления нелинейными и неопределенными системами, динамики макросистем, распознавания образов, интеллектуальных систем и принятия решений при многих критериях.
  
 Сформированные в предшествующие годы теоретические основы и методология системного анализа позволили научным коллективам Института решить ряд важнейших прикладных задач, в том числе: создать новые методы и программные средства поиска и анализа информации, прикладные интеллектуальные системы и системы поддержки принятия решений, распознавания образов и защиты информации, автоматизированные системы управления; предложить новые методы оценки эффективности инвестиций; сформулировать системные принципы управления региональным развитием, реформирования естественных монополий; разработать модели и технологии, используемые в информатике здоровья, при организации распределенной совместной работы и формировании виртуальных сообществ.