Основателями Института были академики Д.М. Гвишиани - первый директор Института с 1976 г. по 1992 г., и С.В. Емельянов - директор Института в 1992-2002 гг., а в последующем его научный руководитель. С 2002 г. директором является член-корреспондент РАН Ю.С. Попков. 

    В 1992 г. ВНИИСИ переименован в «ИНСТИТУТ СИСТЕМНОГО АНАЛИЗА РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК» (ИСА РАН). 

ИСА РАН - это единственная в своем роде научно-исследовательская организация, изначально задуманная, созданная и развивавшаяся как многодисциплинарный научный коллектив, объединяющий ученых в области математики и экономики, управления и информационных технологий, биологии и экологии, социологии и философии. Используя уникальные творческие возможности и формы междисциплинарного сотрудничества, специалисты разных областей знания выполняли в институте фундаментальные теоретические исследования и прикладные разработки, имевшие своей главной целью развитие теории и инструментария системного анализа.

   Теоретические исследования института охватывали широкий спектр фундаментальных проблем методологии системного анализа, новых информационных технологий, моделирования сложных объектов, искусственного интеллекта, теории принятия решений, системного анализа процессов макроэкономического, пространственного и производственного развития, административного и хозяйственного управления; прогнозирования глобальных изменений окружающей среды и климата; управления здоровьем населения.

    Важнейшими результатами теоретических исследований института стали: теория управления нелинейными системами в условиях неопределенности; теория макросистем; методы системного моделирования; методы искусственного интеллекта для поддержки принятия решений, распознавания символьных и аудиообъектов, управления базами данных и знаний, поиска и анализа информации; методы организации распределенных вычислительных сред; методы обеспечения информационной безопасности; математическое обеспечение и технология оперативного построения информационных систем и автоматизации документооборота; методология построения имитационных моделей биоэкосистем и автоматизированные системы биомедицинского мониторинга и регионального экологического прогноза; теория эффективности и методы оценки инвестиционных проектов; методы информационного описания, системной диагностики и регулирования пространственно-распределенных организационных структур.

   Теоретические достижения ученых института всегда активно внедрялись в практику. В активе ИСА РАН многочисленные выполнявшиеся в инициативном порядке и по поручениям органов власти и заказам корпораций прикладные работы по решению актуальных особо сложных практических проблем государственного и хозяйственного управления.

   Все свершения института стали результатом слаженной работы уникального коллектива авторитетных ученых, среди которых действительные члены и члены-корреспонденты РАН, доктора и кандидаты физико-математических, технических, экономических, философских, социологических, географических и юридических наук. 

   Научные достижения сотрудников института отмечены отечественными и международными наградами, в том числе Ленинскими и Государственными премиями СССР, премиями Совета Министров СССР, Государственной премией РФ, Премией РАН им. академика А.А. Андронова, Ломоносовской премией по науке, медалями РАН.

   Свое сорокалетие ИСА РАН встречает в новом статусе: год назад - 1 июля 2015 года - институт присоединился к вновь образованному Федеральному исследовательскому центру «Информатика и управление» Российской академии наук. Начинается новый этап жизни коллектива института, с новыми научными планами и проблемами, творческими поисками и достижениями. 

   Поздравляем заслуженный коллектив ИСА РАН со знаменательной датой и надеемся, что институт и впредь будет на высоте новых и сложных научно-исследовательских задач!