Теоретические исследования Института охватывают широкий спектр актуальных проблем системных исследований. Участие ученых Института в реализации федеральных  и академических  исследовательских программ продемонстрировало важную роль системного анализа в решении проблем, стоящих перед Российской академией наук в области информатики, информационных технологий и вычислительных систем, а также ключевые позиции Института в этих научных направлениях.

Фундаментальные теоретические исследования и прикладные разработки, имеющие своей главной целью развитие методологии и инструментария системного анализа, находят свое отражение в ежегодных планах научно-исследовательских работ.