ИСА РАН является  исполнителем  следующих Программ РАН в 2011

     Программа ОНИТ 1 «Информационные технологии и методы анализа сложных систем »  «Системы автоматизации, обработки информации и поддержки принятия решений», «Динамические стохастические сети» (11 проектов)

     Программа ОНИТ 4  «Архитектура, системные решения, программное обеспечение, стандартизация и информационная безопасность информационно-вычислительных комплексов новых поколений». «Применение нейронных и иммунных сетей для защиты информационных ресурсов» (Научный руководитель - Магницкий Н.А.)

     Программа ОНИТ 6  «Биоинформатика, информационные технологии в медицине».
1.    Разработка виртуальных приборов для обеспечения научных исследований и образовательной деятельности в биологии и медицине (Научный руководитель -  Крутько В.Н.)
2.    Разработка технологии вероятностно-статистического оценивания билатеральной асимметрии электроэнцефалограммы человека (Научный руководитель - Дарховский Б.С.)
3.    Разработка основ теории и реализации программных средств поддержки технологии доказательной медицины (Научный руководитель - Назаренко Г.Н.)
Программа Президиума РАН П28 «Фундаментальные  проблемы пространственного развития Российской Федерации: междисциплинарный синтез» - 4 проекта. (Научный руководитель - Швецов А.Н.)

       Программа Президиума РАН П13 "Проблемы создания национальной научной распределенной информационно- вычислительной среды на основе развития GRID технологий и современных телекоммуникационных сетей».
Направление №1 «Мобильные информационные и вычислительные ресурсы» .
1.    Разработка и организация системы агентов удаленного доступа к научным информационно-алгоритмических ресурсам (Научные руководители -  д.ф.-м.н Афанасьев А.П., к.т.н. Сухорослов О.В.)
2.    Использование высокопроизводительных вычислительных ресурсов в системе IARnet. (Научные руководители - к.ф.-м.н Посыпкин М.А., д.ф.-м.н Афанасьев А.П., д.т.н. Сигал И.Х.)
3.    Оптимизация доступа к информационно-алгоритмическим ресурсам в условиях ограниченной пропускной способности коммуникационной сети (Научный руководитель -  к.т.н. Гринберг Я.Р.)
4.    Решение прикладных декомпозируемых задач в системе IARnet (Научные руководители -  Павловский Ю.Н, к.ф.-м.н. Тарасов А.С., с.н.с Волошинов В.В.)
5.    Исследование методов организации распределенныхвычислений для решения задач искусственного интеллекта (Научный руководитель -  чл.-кор. РАН Арлазаров В.Л.).

Программа Президиума  РАН  П15 «Фундаментальные проблемы системного программирования»
1.     Исследование методов моделирования информации и знаний в предметных областях и разработка новой модели представления данных и методов ее обработки в вычислительной среде (Научный руководитель -  чл.-кор. РАН Арлазаров В.Л.).