В соответствии с Распоряжением Правительства  Российской Федерации от 30 декабря 2013 года №2591-р. и в целях реализации Федерального закона «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» Институт системного анализа Российской Академии наук переподчинен Федеральному агентству научных организаций РФ. В соответствии с приказом Федерального агентства научных организаций (ФАНО) от 31 декабря 2014 г. Институт системного анализа РАН, наряду с Институтом проблем информатики РАН (ИПИ РАН) и Вычислительным центром РАН им. А.А.Дородницына, вошел в состав вновь образованного Федерального исследовательского центра "Информатика и управление" Российской академии наук, призванного заниматься фундаментальными и прикладными исследованиями в области математики, математического моделирования, информатики, информационных технологий.

В настоящее время ученые Института проводят фундаментальные исследования в области системного анализа и информационных технологий. Сформированные в предшествующие годы теоретические основы и методология системного анализа позволили ученым Института решить ряд важнейших прикладных задач: предложить новые методы оценки эффективности инвестиций; сформулировать системные принципы управления региональным развитием, реформирования естественных монополий; разработать модели и технологии, используемые в информатике здоровья, при организации распределенной совместной работы, и формировании виртуальных сообществ.

Институт успешно решает не только фундаментальные и прикладные научные проблемы, но и выступает координатором крупномасштабных научно-технических проектов, осуществляет подготовку молодых научных кадров.